La région fut découverte par les colons blancs dans les années 1800. C’est à cette époque qu’elle reçut ce nom de « pierre jaune ». Ce territoire était alors une réserve naturelle où les bisons trouvaient refuge. Les indiens Shoshones et Bannocks venaient alors y chasser l’été. Les premiers geysers furent découverts en 1807. A cette époque quelques trappeurs blancs y faisaient déjà du commerce. Mais, à partir de 1810, ceux-ci vinrent en grands nombres à des fins mercantiles, massacrer tout animal à fourrure. En 1840 l’épuisement des espèces entraina la fin de ce commerce.
La recherche de l’or en 1860 dans le Montana relança quelque peu l’intérêt de la région, mais ce furent l’activité des geysers, avec les études géologiques menées en 1870-71 et la beauté des sites illustrée par des peintres qui déterminèrent la valeur du site.
Afin de protéger ce patrimoine, le Président Ulysses Grant créa la région « Parc National » le 1er mars 1872. Premier parc créé dans le Monde, avec une superficie de 9000 km² soit égale à celle de la Corse, il est aujourd’hui l’un des plus grands des Etats Unis. L’altitude varie de 1600 à 3462m. Il s’étale sur le Wyoming principalement, le Montana et l’Idaho.
La partie centrale du parc est constituée d’une caldeira de 70km de diamètre formée il y a environ 600 000 ans. On enregistre entre 1000 et 3000 secousses telluriques par an, quelques 300 geysers toujours en activités et environ 10 000 sources d’eau chaude qui témoignent d’une activité sous-terraine toujours présente.
Le parc constitue aujourd’hui la plus grande réserve animalière des Etats Unis. Avant l’arrivée des colons, l’Amérique du nord comptait entre 50 et 70 millions de bisons, il n’en restait qu’une cinquantaine en 1902. Ils sont plus de 4000 aujourd’hui. Le loup avait disparu de ces terres en 1935. Réintroduit en 1994 avec une trentaine d’animaux de souche canadienne, une centaine d’individus peuple actuellement le parc.